Ubicado en el Altiplano central mexicano a 2 740 metros sobre el nivel del mar, el municipio de Sanctórum de Lázaro Cárdenas se sitúa en un eje de coordenadas geográficas entre los 19 grados 29 minutos latitud norte y 98 grados 28 minutos longitud oeste.
Localizado al poniente del estado, el municipio de Sanctórum colinda al norte con el municipio de Benito Juárez, y el estado de Hidalgo, al sur colinda con el estado de Puebla y el municipio de Españita, al oriente con el municipio de Hueyotlipan y al poniente con los municipios de Nanacamilpa de Mariano Arista y Calpulalpan.
De acuerdo con la información del Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, el municipio de Sanctórum de Lázaro Cárdenas comprende una superficie de 100.48 kilómetros cuadrados, lo que representa el 2.52 por ciento del total del territorio estatal, el cual asciende a 3,991.14 kilómetros cuadrados.
Se presentan en el municipio tres formas características de relieve: Zonas accidentadas, abarcan aproximadamente el 20.0 por ciento de la superficie y se localizan al sur y al oriente. Zonas semiplanas, ocupan el 26.0 por ciento de la superficie, ubicándose en las laderas de los relieves montañosos. Zonas planas: ocupan el 54.0 por ciento de la superficie y se localizan del noroeste al suroeste del municipio.
Destacan además el cerro Los Laras con 2 900 m.s.n.m. ubicado en la parte sur, el cerro Comaltepec con 2 700 m.s.n.m. ubicado en la parte central, y el cerro San Nicolás con 2 950 m.s.n.m. localizado al norte del municipio.
Los recursos hidrográficos del municipio son el río Atotonilco que nace en la parte baja del cerro Los Laras y tiene un recorrido por el municipio de poniente a oriente de aproximadamente 4.5 Km., también se encuentra al norte del municipio y colindando con el estado de Hidalgo, la Laguna de Atocha, además de los manantiales de Tepapatlaco.
En la mayor parte del municipio Sanctórum de Lázaro Cárdenas, prevalece el clima templado subhúmedo con lluvias en verano. Igualmente la temperatura promedio máxima anual registrada es de 22.5 grados centígrados. Durante el año se observan variaciones en la temperatura que van desde los 3.9 grados centígrados como mínima, hasta los 25.1 grados centígrados como máxima. La precipitación promedio mínima registrada es de 14.3 milímetros y la máxima de 219.6 milímetros.
Los componen sus tierras de cultivo agricola y pastos para la cria de ganado.
Por su ubicación geográfica y clima, corresponde a este municipio, una vegetación compuesta principalmente por bosques de pino y oyamel, en el primer caso las especies representativas son pino real (P. montezumae), pino blanco (P. pseudostrobus) y teocote (P. teocote), a menudo asociado con encinos (Quercus crassipes, Q. laurina, Q. rugosa). En el segundo caso, la especie dominante es el oyamel (Abies religiosa), contando en su masa forestal con individuos de ailites (Alnus jorullensis), huejote (Salix paradoxa) y madroño (Arbutus xalapensis).
En las áreas perturbadas del bosque, es frecuente encontrar una población abundante de chaquira (Ceanothus coeruleus), la cual es indicadora del fuerte desequilibrio ecológico, instalándose dicha especie como la inicial de la sucesión biológica. En las partes bajas del municipio, se encuentran vestigios de matorral xerófito, con individuos aislados de sabino (Juniperus deppeana).
En los límites de las parcelas agrícolas, y en general en las áreas urbanas y suburbanas, se encuentran ejemplares de cedro blanco, tejocote, zapote blanco, capulín, trueno, álamo blanco, casuarina y eucalipto.
No obstante el crecimiento y expansión acelerada de la mancha urbana, en el territorio del municipio todavía es común encontrar algún tipo de fauna silvestre como por ejemplo; la liebre (Lepus californicus), tuza, conejo (Sylvilagus floridanus), ratón de campo, codorniz (Cyrtonix montezumae), coyote (Canis latrans), víbora de cascabel (Crotalus sp.), tlacuache (Didelphis marsupialis).
Existen en el territorio del estado los suelos tipo cambisoles, litosoles, andosoles, regosoles, gleysoles, fluvisoles, vertisoles, solonchaks, ranker, rendzinas, serosoles e histosoles. En el territorio del municipio de Sanctórum de Lázaro Cárdenas se advierten tres tipos de suelos: los cambisoles, litosoles, y andosoles.
Corresponden a los cambisoles aquellos suelos de sedimentos piroplásticos translocados, a menudo con horizontes duripan ó tepetate. Los suelos litosoles comprenden los poco desarrollados, extremadamente delgados, la roca se encuentra a menos de 10 cm., de profundidad. Por cuanto a los andosoles, estos se caracterizan por ser suelos de sedimentos piroclásticos, por lo general bien desarrollados, de profundidad media a profundos muy sueltos.
La superficie que ocupan las unidades de producción rural en el municipio de Sanctórum de Lázaro Cárdenas es de 9 694 hectáreas, área que representa el 4.0 por ciento de la superficie total del estado. De tal extensión, 8 828 hectáreas, el 91.1 por ciento constituyen la superficie de labor, es decir las tierras dedicadas a cultivos anuales o de ciclo corto, frutales y plantaciones.
En lo que respecta a pastos naturales había un total de 769 hectáreas dedicadas a la ganadería, 59 hectáreas con bosque o selva, 17 con bosque o selva con pastos y 21 hectáreas sin vegetación.